ndvi

tools/productListToIndex.sh

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 # Get Normalized Index (B1-B2)/(B1+B2) for all products in PRODCUTSDIR
 PRODCUTSDIR=$1	#Products directory
 JP2DIR=$2	#JP2 Directory
-WINDOW=$3	#Crop Window
+POLYGON=$3	#WKT Polygon
 OUTPUTDIR=$4	#Process output
 B1=$5		
 B2=$6
 count=1
-ext=.jpg
-BOX=$(python3 "$HOME/GeoSentinel/geosentinel/polygonToBox.py" "$WINDOW")
+echo $POLYGON
+BOX=$(python3 "$HOME/GeoSentinel/geosentinel/polygonToBox.py" "$POLYGON")
 echo $BOX
 
-cd $PRODCUTSDIR
+#cd $PRODCUTSDIR
 
-for f in $(find . -type f -name '*.zip')
-do 
+#for f in $(find . -type f -name '*.zip')
+#do 
 
-	filepattern=$(echo $f | cut -d"_" -f6)"_"$(echo $f | cut -d"_" -f3)"_B"
-	filename=$JP2DIR$filepattern
-	echo $filename
-	if [ ! -e $filename$B1".jp2" ]; then
+#	filepattern=$(echo $f | cut -d"_" -f6)"_"$(echo $f | cut -d"_" -f3)"_B"
+#	filename=$JP2DIR$filepattern
+#	echo $filename
+#	if [ ! -e $filename$B1".jp2" ]; then
 
-		unzip" -n -j $f *"$B2".jp2 -d " $JP2DIR 
-	fi
+#		unzip" -n -j $f *"$B2".jp2 -d " $JP2DIR 
+#	fi
 
-	if [ ! -e $filename$B2".jp2" ]; then
+#	if [ ! -e $filename$B2".jp2" ]; then
 
-		unzip" -n -j $f *"$B1".jp2 -d " $JP2DIR 
-	fi
+#		unzip" -n -j $f *"$B1".jp2 -d " $JP2DIR 
+#	fi
 
-	
-	cd $JP2DIR
-	$B1FN=$(ls $filepattern$B1".jp2" -t |head -1)
-	$B2FN=$(ls $filepattern$B1".jp2" -t |head -1)
+#	
+#	cd $JP2DIR
+#	$B1FN=$(ls $filepattern$B1".jp2" -t |head -1)
+#	$B2FN=$(ls $filepattern$B1".jp2" -t |head -1)
 
-	echo "B1-"$B1FN
-	echo "B2-"$B2FN
+#	echo "B1-"$B1FN
+#	echo "B2-"$B2FN
 
-	if [ ! -d $OUTPUTDIR ]; then
-		mkdir $OUTPUTDIR
-	fi
+#	if [ ! -d $OUTPUTDIR ]; then
+#		mkdir $OUTPUTDIR
+#	fi
 
-	fileout1=$(echo $filepattern | cut -d"_" -f1)
-        fileout2=$(echo $filepattern | cut -d"_" -f2)
+#	fileout1=$(echo $filepattern | cut -d"_" -f1)
+#        fileout2=$(echo $filepattern | cut -d"_" -f2)
 
-	if [ ! -e $OUTPUTDIR"/"$fileout2"_"$fileout1".tiff" ]; then
-		python3 $HOME/GeoSentinel/geosentinel/normalizedIndex.py $B1FN $B2FN $OUTPUTDIR"/"$fileout2"_"$fileout1".tiff"
-	fi
+#	if [ ! -e $OUTPUTDIR"/"$fileout2"_"$fileout1".tiff" ]; then
+#		python3 $HOME/GeoSentinel/geosentinel/normalizedIndex.py $B1FN $B2FN $OUTPUTDIR"/"$fileout2"_"$fileout1".tiff"
+#	fi
 
-	cd $OUTPUTDIR 
-        if [ ! -d $fileout1 ]; then
-                mkdir $fileout1 
-        fi
-	cd ..
+#	cd $OUTPUTDIR 
+#        if [ ! -d $fileout1 ]; then
+#                mkdir $fileout1 
+#        fi
+#	cd ..
 
-        if [  ! -e $OUTPUTDIR$fileout1/$fileout2"_"$fileout1".jpg" ]; then
-		gdal_translate -projwin $BOX -projwin_srs WGS84 -ot Byte -scale 0 255 0 255 -of JPEG $OUTPUTDIR$$fileout2"_"$fileout1".tiff" $OUTPUTDIR$fileout1/$fileout2"_"$fileout1".jpg"
-	fi
+#        if [  ! -e $OUTPUTDIR$fileout1/$fileout2"_"$fileout1".jpg" ]; then
+#		gdal_translate -projwin $BOX -projwin_srs WGS84 -ot Byte -scale 0 255 0 255 -of JPEG $OUTPUTDIR$$fileout2"_"$fileout1".tiff" $OUTPUTDIR$fileout1/$fileout2"_"$fileout1".jpg"
+#	fi
 
-	
-	cd $PRODCUTSDIR
+#	
+#	cd $PRODCUTSDIR
 
-done
-cd $JP2DIR"/video_ndvi"
-ffmpeg  -i %*.jpg -c:v libx264 -vf fps=10 -pix_fmt yuvj422p ndvi.mp4
+#done
+#cd $JP2DIR"/video_ndvi"
+#ffmpeg  -i %*.jpg -c:v libx264 -vf fps=10 -pix_fmt yuvj422p ndvi.mp4